视频: 魏文胜讲述《编辑生命密码》

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发布时间:2015年09月14日16:32 来源:新浪财经

所属专辑:CC讲坛——创新引领未来传播改...

简介:

  “CC讲坛”(第八期)于2015年8月15日在北京举行。北京大学生命科学学院研究员魏文胜出席并演讲。

  以下为演讲实录:

  让我先从新千年的超级细菌讲起,在讲这个话题之前,其实我上网搜了一下,因为我希望我的演讲第一次面对这样的听众,能够更接地气一点,所以我做了个搜索,那么结果我搜出了非常多具有耸人听闻标题。这样一些新闻其中包括,比如说妈妈的便便治好了儿子两年的顽疾。这里面信息量非常大,有非常多的内容。

  那么大家想一想,这里边有两个关键词;其实一个是没有出现的叫伪膜性肠炎,这是今天我演讲的一个主题之一。第二个信息关键词叫粪便移植,大家可以脑补这样一个画面。那么病人得了一个非常难治的肠炎,结果医生挠挠头想了一下说:“要不这样吧,我请你吃一点便便”。

  让我试着替这个医生稍微解释一下,看大家能不能明白。那么假膜性肠炎,其实在医院系统里边是一个非常常见,非常严重的疾病,那么特别是住院病人他会服用大量的抗生素,那么抗生素的服用它造成一个直接的结果是肠道菌群的紊乱,因为肠道里边有各种细菌,有益生菌也有坏的细菌,但肠道菌群的紊乱它会造成一个很严重的问题,就是像艰难梭菌这样一些非常有抗性的细菌,它得到了大量的生存空间,那么它得以繁衍繁殖起来。也就是说它能够用毒素来破坏肠壁细胞,那么直接的临床后果是什么呢?就是病人会发生严重的腹泻,甚至严重的话病人会死亡。那么这个事情的开始是因为它获得了这个生存空间,那么如果说我们通常的思维,用抗生素来治疗这个疾病的话,其实收效非常地小,原因是因为它本身是一个非常有抗性的这样一个病菌。那么更可怕的是最近十几年,大家陆续发现一些所谓超级细菌,所谓超级细菌就是现在已经存在的所有的抗生素,对它都无能为力。那么怎么办呢?所以大家想到了一个不是办法的办法,就是吃便便。其实我演绎一下,不是吃粪便移植,不是吃能够解决的。但是用粪便移植的方法,来重新建立你失去的紊乱的肠道菌群。这样它可以大大压缩抑制艰难梭菌本身的生存空间,那么就变得和谐了,那么它的危害就没那么严重了。所以从一定程度上面能够改善这个状况。

  那么艰难梭菌造成的伪膜性肠炎到底有多严重呢?我这里给大家提供一个美国疾控中心提供的一个数据,那么在所有抗生素抗性病菌感染里边,它造成的危害排名第一的。是谁呢?就是艰难梭菌,原因非常地简单,因为它造成的它的致命性,致病性,以及它造成的经济损失每年有十亿美金,都排在第一位。

  那么对这样一个疾病,我们有所谓的粪便移植,这样听起来很有点恶心,但是又很炫酷的这样一个治疗方法,其实它是六脉神剑时灵时不灵,它本来不是一个令人愉快的治疗方式,有没有更好的方法来解决这个问题?那么要解决这问题,其实我们就需要从机制上边了解它是如何致病的?我们最近团队的一个工作,就是发现了艰难梭菌用毒素侵染细胞的一个表面受体,这是大家大概已经超过三十多年,一直想寻找的一个细胞表面的受体。那我们当我们发现这个受体以后,我把它给敲掉,把它给抑制住以后,发现细胞就不再被感染,原因非常地简单,因为艰难梭菌造成任何的危害,它还必须要把自己的毒素蛋白送进细胞里面去,如果没有受体的帮助,它进不去的话细胞就平安无事了。所以当我们发现这样一个机理以后,显然就打开了一个新的一个窗口。就是新的一些治疗方法,新的治疗手段就可以依据这一个发现来发展出来。那我们找到这个受体,取得这样的结果,其实仰仗了两个非常重要的技术,一个是基因组编辑技术,一个是高通[微博]量的筛选技术。

  那么基因组大家都知道是,一个人的遗传物质的一个总和一个集合。简单地回顾一下我们的遗传物质,我们遗传信息开始大家知道,我们都是被编码的对吧。我们不是从天上掉下来的,我们是有遗传的传递传承。那么决定我们生命整个个体,或者现象的一个重要的遗传的单位是什么呢?是DNA,那我们一个整体,一个人体的所有加起来的细胞总量,大概是10的14次方。那么在每一个细胞里面呢?我们有包含我们所有遗传信息的这个载体叫染色体,也叫基因组。它是在染色体上呈现出来的,那么这里边有大概有30亿个DNA的亚单元,或者我们叫密码,来编码我们所有的信息,那么它总共会产生大概三万个不到的基因编码。它相应的蛋白来执行它的各种功能,所以我们整个的生命现象,整个的功能是由遗传决定的,是由生命信息来决定的,那么它真正来编码,整个编码我们整个所有信息的单位,是多少个呢?只有4种,就是通常大家认为的,大家知道的ATCG这四种,非常少,但这么少的编码,它可以幻化出千姿百态无穷无尽的生命现象。所以它整个造成的,产生的表现形或者我们功能又特别地复杂。

  那么生命科学的研究是五花八门,多种多样。它的门类也非常非常地多,但是如果我们把很多的种类,很多的研究内容,把它简单化一点。很多实验室其实花大部分时间在干这样一件事情,就是来寻找这个基因,它编码什么蛋白,这蛋白到底是干吗的,或者是干吗的,是谁干的?他其实一直在找这种因果关系,那么这样才能够让我们了解,比如说你得了癌症或者某种疾病,到底是什么出了问题?在遗传方面,在分子水平上边,它的原因是什么?这样才能从根本上找到解决问题的方法和办法。那如何做到这件事情呢?最简单的方式是什么呢?是我们能够非常轻易地,你能够精确地来调整改变你的遗传信息,你的遗传密码,然后看是什么性状被改变了,然后这样才能把因果关系给建立起来。那这就是回到我们一直在谈的,我们一直梦寐以求的,需要这样一个技术就叫做基因组编辑。

  所谓编辑,就是我能够人为的来调整,改变,插入,去除,修改,所有这些动作,都是属于编辑层面的动作,但是我们需要在基因水平上完成,这样一件事情。其实从某种意义上讲,我们在扮演上帝的角色,那么它的最初开始是从一个叫锌指酶,这样一个工程性的蛋白酶开始的,那么这个酶的出现,它一下子让大家知道,我可以干类似事情。

  那么这个基因组编辑技术,它真正的蓬勃发展起来大概在2009年底。这个其实是一个非常奇怪的机制,我们管它们叫TALE,后来又发展出一个专有名词叫TALEN。那么这个机制我们是如何知道如何发展起来的呢?它其实是从细菌一个叫黄单胞菌的这样一个植物病菌里面发现的。其实这样一个蛋白在1989年,就是上个世纪很早以前,我们就已经知道了。所以有一个奇怪蛋白,它能够被病原菌病原微生物直接送到跨界。送到它的宿主,我们所谓的就是植物的细胞里面去,那么它长得非常奇怪,为什么?因为它中间有非常多的重复单元,但不知道是干什么的。一直到2009年的时候,科学家才把它给搞明白,原来自然界存在大概二十五种左右的,这种重复单元,不同的重复单元,它居然每一个单元对应一个碱基,所以就是我们所说的密码子,这个DNA的密码子。ATCG它有特异性的识别这样一个特性,然后大家非常地兴奋,大家从里面找了四个非常不错的四种单元,迅速地把它做成了一个分子剪刀,也就是说可以用那个单元,把我们想要操作的这个,可以干活的这个酶,把它特定的特异地送到我们想要它去的地方。这样就可以完成剪切,能够实现所谓编辑的这样一个功能。那么这个系统有没有缺陷呢?它有很多的缺陷,但是它已经好到大家已经非常雀跃了,因为它让大家意识到,我们终于可以干我们一直想干的事情,以前完全不可想像的事情,就是我指哪我有可能打哪,但它仍然还是不够完美,它利用的是自然界已经存在的25种重复单元。

  其实理论上面它有多少种呢?它有四百种,所以我们实验室一个工作呢就是把这400种全部找齐了,以及跟ATCG这个四种在核酸水平上的编码一一对应起来,就呈现了这样一个我们叫热图。就是它含有所有的1600种情况,就是400种对应4种不同的密码。它的特异性,它的结合效率,所有这些把它给解码出来。所以这就成为一个非常实用,非常有趣,有巨大应用前景的这样一个技术。

  那么基因组编辑技术进一步提升搞得如此的沸沸扬扬,以至于在所有的生命科学领域里面,研究的实验室几乎每一个实验室,不做一些跟这个相关的,都觉得完全落伍了,是因为另外一个新的技术的出现,这个技术出现它的名字叫CRISPR。这个名字不重要,重要是什么呢?这居然又是一个我们从细菌学来的一个小的花招,那么是在细菌免疫系统里边,它存在的一个机制,没错细菌也有免疫,没有谁愿意被侵犯,其实细菌也不例外。所以细菌它会被谁伤害呢?它会被它的病毒叫噬菌体,所以细菌经过千万年的这个进化,它居然产生这样一个机制,就是它能够记住谁伤害过我。它怎么记呢?它记的是进来的这个病毒的序列。它记住以后。它就把它放在一个库存的这样一个结构里面去,等到第二次它再来的时候,它就可以迅速做出反应来,当大家最终把这个搞明白以后,迅速地想到我们居然把它可以用到一个更高级的更广泛的领域。在真核更高等的细胞里面做基因组编辑,那我们就形成了所谓的CRISPR或者说CRISPR CAS9系统,那么这个系统比前面的ZFN就是锌指酶,或者TALEN它有更高的普适性,它的门槛更低,它因为机制决定的。所以又是一个全民狂欢大家蜂拥而上,用这个来做各种各样事情,做基因的编辑,把基因给敲掉,把各种事情把各种不同东西置换上去,来研究各种各样的一些问题。

  那么我们做了一些也做一些很多类似的事情,但是我们同时做了这样一件事情,就是我们建成了一个所谓的高通量的一个筛选平台,那么什么意思呢?就是通常情况下我们会把单个的基因,或者单个的片断,把它给改变或者修饰或者敲掉太慢。对于一个未知的问题这太慢,所以通常情况下大家希望,有一个海量的高通量的,你一次可以看几十几百,上千甚至上万的这样一个规模,来迅速地建立因果关系。那么这个事情,我们这个平台干的就是这样一件事情,就是迅速地能够大量地把非常多的基因给敲掉,而且是按照我们意愿给敲掉的,然后之后,我们通过这个最后的表型建立因果关系,就迅速地确立了什么事情。

  什么东西干什么事情这样一个问题,那么更通俗一点在医药领域,其实它有类似的非常广泛的一些应用,比如说我们知道一个药品研发,它需要从药物靶点的确定开始,然后一直到金字塔尖上边把这个药给研发出来,那么它的基础它最本质的是:了解一个问题的本质,也就是说我药物我针对谁,我靶点是什么?这恰恰就是类似这样的平台可以做这样一件事情。那么最吸引眼球,或者说我们现在最觉得欢欣鼓舞的是,我们终于想到或者感觉到。我们可以干这样一件事情,就是可以产生一种全新的一个治疗方式,因为这是一个分子剪刀在分子水平上边,它可以精确地定导它,精确的定位,所以我们可以用来治疗一些遗传病,比如说地中海贫血或者镰刀型贫血症,这是一个单核苷酸。它的改变导致的遗传疾病,我们可以利用这把分子剪刀把它给修复回来,我们可以治疗艾滋病或者更好地来治疗癌症。所有这些应用都面临一个技术屏障,那么这种挑战是什么呢?是两点;一个是所谓的中靶效率,一个是所谓的脱靶效应。那么中靶效率就是说你用这把剪刀,你得多快你多有效率。脱靶效应就是说,你不该干的事情你可不能干,你干了会出大问题。所以这两个博弈是我们技术上边面临的最大的挑战跟问题。

  但其实你仔细想一想,我们其实已经可以开始扮演上帝的角色了,因为我们居然可以改变我们遗传上的一些重要的信息。那么是不是我们立刻面临另外一个,也许更大的挑战其实是道德甚至是伦理层面的挑战。我们是不是可以无所顾忌用这把锋利的剪刀做我们任何想做的事情,还是说我们要有所不为,我们有没有底线,我们应不应该设立底线。我们底线是什么?我们底线是生殖细胞吗,其实我并没有答案,因为这是一个充满争议的话题。我只是提出问题让大家思考一下,那么这个技术其实从它的开始到现在,我们觉得已经非常非常厉害。因为它可以做前所未有之前完全不能想象的一些事情,那么它技术有没有提升的空间,它是不是已经足够好了?

  那我想做一个简单的类比,有另外一个技术叫深度测序,或者叫测序技术。大家都知道那么测序技术其实它在人类基因组计划里面,在上世纪末到本世纪初大家花了大概十年时间,三十亿美金完成了,那么我们现在的技术到哪一步了呢?大家可以看一下它基本上没有遵循所谓的摩尔定律,或者它只是在一段时间内遵循这样一个摩尔定律。它因为革命性技术的出现以后,它其实从2001年到今年它的所有花费几乎降了有几万倍,同样它的速度也得到了相应的提升,所以我有理由相信基因组编辑技术,它只是一个开始它还处在萌芽阶段。

  我们的确可以做很多以前不能做的事情,因为我们通常情况下我们是打哪才能指哪。因为我其实不知道打在什么地方?我不知道该指什么地方,但是我先打,打完以后再去找到这个地方,然后我可以指给你看说:’这是我要打的地方“。我碰巧打到这个地方,但是现在我们已经开始过渡到另外一个阶段,叫做指哪打哪。就是我就要打这个地方,我就能够实现。但它存在非常大的技术提升的一些空间,但同时我们面临巨大的挑战,那么我们现在大家非常热衷一个词,叫精准医学或者精确医疗。那么大家更多地谈论深度测序或者测序技术,对它的重大的一些影响。其实一体的两面,它另外一个精准的治疗,恰好是基因组编辑技术,未来可以有大有用武之地的地方。

  谢谢大家!

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